免费论文摘要：蕨类植被紫萁、姬蕨C值测定和转录组测序及数据领会

蕨类植被是地球上散布普遍、发源陈旧的维管植被，它衍化兴盛出单倍体世代和二倍体世代实足划分的特殊人命周期，是陆生植被一个要害的进化分枝。蕨类植被在药用、食用、产业、参观绿化等上面均有运用。暂时，蕨类植被的接洽重要会合植被分门别类、体例衍化、资源搜集与评介和遗传百般性领会等上面，DNA C-值测定、基因组数据、转录组测序及数据领会等还较少，在分子标志开拓、基因克隆及分子体例进化等接洽范围还对立滞后。正文采用原始薄囊蕨亚纲的紫萁（Osmunda japonica）和薄囊蕨亚纲的姬蕨（Hypolepis punctate）两种蕨类植被，在体例优化紫萁流式细胞术本领普通上测定了两者C值；并沿用Illumina高通量测序本领对紫萁和姬蕨孢子体叶举行转录组测序及领会，初次创造了紫萁和姬蕨的转录组数据库。重要接洽截止如次：1. 辨别以紫萁陈腐和枯燥叶片为资料，沿用Otto和GPB两种细胞核索取液，体例优化和商量了流式细胞术测定紫萁C值巨细的本领及前提，并在此普通上对姬蕨举行C值测定。截止表白：流式细胞术测定紫萁的最优本领为以枯燥的幼嫩叶片为资料，采用水稻为内标植被，Otto两步法在低温索取、1.0×103g向心力下离心5min，PI（碘化丙啶）和RNase浓淡为20 ug/mL时能获得高品质的细胞核悬液，且细胞核散点图明显会合，碎片少，不妨透彻取门领会，CV值较小，最后初次测定紫萁的C值为8.56pg。在紫萁C值优化测定体制的普通上，采用姬蕨陈腐叶片为索取资料，本领前提与紫萁沟通，获得比拟完备的细胞核悬液且样本细胞核散点图会合，容易取门领会，CV值较小，姬蕨的C值为2.99pg。2. 样本过程RNA索取、制备cDNA文库、Illumina测序、去掉低品质序列和Trinity从新拼接组建等办法后，紫萁最后赢得44348条平衡长度为864bp的Unigenes，N50长度为1687bp。姬蕨共赢得了44542条平衡长度为715bp的Unigenes，N50长度为1216bp。检验和测定表白测底数据组建的品质和长度满意转录组领会的基础诉求。3. 将测序赢得的Unigenes与大众数据库（NR、NT、KO、SwissProt、Pfam、GO 、KOG）举行比对解释，紫萁有21225（47.86%）条基因序列赢得解释。姬蕨有24285（54.52%）条基因序列赢得解释。经过KOG数据库的比对，紫萁和姬蕨都被分到26个各别的功效组中，紫萁介入普遍功效猜测（1457条），翻译后化装、卵白质翻转、伙伴（1028条），旗号转导（693条）的基因较多。姬蕨波及普遍功效猜测（1522条），翻译后化装、卵白质翻转、伙伴（1116条），旗号转导（849条）的基因同样较多，两者被解释到的功效基因在各功效小组的散布情景基础普遍。对紫萁和姬蕨unigenes举行GO和KEGG Pathway领会，紫萁和姬蕨辨别获得48个和47个各别的功效分门别类，辨别介入242和244个各别的新陈代谢路途。经过Blast比对和ESTScan软硬件对紫萁和姬蕨基因举行CDS猜测，紫萁赢得42503条CDS；姬蕨共获得42756条CDS。对两种办法获得的CDS的长度散布举行了统计创造，经过ESTScan软硬件猜测赢得CDS长度一致小于Blast比对获得的CDS长度。紫萁和姬蕨转录组数据库的创造，将为进一步接洽基因构成及功效接洽奠定了普通。4. 经过SSR领会，紫萁的7470个Unigenes共检验和测定到9639个SSR位点，SSR散布典型较多的是单核苷酸反复、二核苷酸反复和三核苷酸反复达总标志的96.72%，结余四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸只占3.27%；姬蕨的6803个Unigenes共检验和测定到8626个SSR位点，个中二核苷酸反复最多，可达总标志的75.74%，结余单核苷酸反复和三至六核苷酸反复共占总标志的24.26%。SSR位点检验和测定领会将为紫萁和姬蕨遗传百般性领会、建立遗传连锁图谱和分子育种等后续接洽奠定普通。5. 对紫萁和姬蕨举行黄酮类复合物合成关系基因新陈代谢路途举行了领会，截止表白：紫萁辨别有182条、92条基因解释到苯丙烷合成道路、黄酮类合成路途，共波及26种关系基因；姬蕨有108条、48条基因辨别解释到苯丙烷新陈代谢道路、黄酮类合成路途，共波及22种关系基因。紫萁辨别有8条、5条、15条、7条、1条基因解释到PAL（苯丙氨酸解氨酶，Phenylalanine ammonia-lyase）、4CL（4-香豆酰辅酶A合成酶，4-Coumarate-CoA-ligase）、CYP73A（反肉桂酸-4-单氧酶，Trans-cinnamate 4-monooxygenase）、CHS（查尔酮合酶，Chalcone synthase）和CHI（查尔酮异构酶，Chalcone isomerase），姬蕨辨别有11条、5条、9条、6条、1条基因解释到PAL、4CL、CYP73A、CHS和CHI。黄酮类复合物合成关系基因的暴露，将为揭穿紫萁、姬蕨黄酮类次生新陈代谢产品的合成道路及其要害基因的克隆和分子进化等奠定普通。

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